La trucha se distribuye por la mayor parte de los cursos de agua situados por encima de los 800 metros de altitud, en la orla montañosa de Castilla y León. Su gran plasticidad morfológica y ecológica, fruto de los años de evolución, es el reflejo de una gran heterogeneidad genética. Se reconocendos grandes linajes: uno Atlántico y otro Mediterráneo.
A su vez, recientes estudios moleculares, distinguen (dentro del grupo Atlántico) varias líneas evolutivas, distribuidas según las cuencas hidrográficas: Noroeste (Cantábricas y Miño), Duero y Tajo; incluso, dentro de la cuenca del Duero, hay peculiaridades genéticas entre las truchas de algunos afluentes que nacen al Norte del Duero (por ejemplo, las de los ríos Carrión y Pisuerga) y las truchas de las subcuencas del Sur (como las de los ríos Tormes y Agueda).
Por lo tanto, pueden definirse una serie de unidades evolutivas, que en Castilla y León agruparían a las poblaciones naturales de trucha común de la siguiente forma:
- Línea Mediterráneo “Ebro”: englobaría los ejemplares de la cuenca del Ebro, en Palencia, Burgos y Soria.
- Línea Atlántico “Cantábrico”: englobaría los ejemplares de las cuencas del Nervión (Burgos) y del Navia, Sella y Cares (León).
- Línea Atlántico “Miño”: englobaría los ejemplares de la subcuenca del Sil en León y Zamora.
- Línea Atlántico “Tajo”: englobaría los ejemplares de las subcuencas del Alberche, del Tiétar (Avila) y del Alagón (Salamanca).
- Línea Atlántico “Duero-Sur”: englobaría los ejemplares de las subcuencas de los ríos Cega, Adaja, Tormes, Huebra y Agueda, (oeste de Segovia, Avila y Salamanca).
- Línea Atlántico “Duero-Norte”: englobaría los ejemplaresdel sector alto del río Duero (desde su nacimiento hastaAlmazán) y de las subcuencas de los ríos Fuentepinilla o Andaluz, Ucero, Rejas, Arandilla, Escalote, Talegones, Caracena, Pedro, Bañuelos, Gromejón, Pisuerga, Riaza, Duratón, Carrión, Esla, Tuela, Gamoneda, Calabor, Fontano y Manzanas (Soria, este de Segovia, Burgos, Palencia, Valladolid, León y Zamora).
Por otro lado, se han encontrado algunas poblaciones con indicios de introgresión, es decir, que todavía persisten truchas con unos genotipos similares a los de las truchas centroeuropeas, que fueron importadas, por piscifactorías públicas, para crear unos stocks con los que poder llevar a cabo repoblaciones con fines deportivos. El aislamiento geográfico de las cabeceras de los ríos ha provocado una diferenciación genética que debe tener su reflejo, tanto en la gestión de las poblaciones naturales (mediante la declaración de las correspondientes reservas genéticas), como en la política de repoblaciones (realizadas con alevines autóctonos); en este sentido, la Consejería de Medio Ambiente, después de realizar los correspondientes estudios de caracterización genética, ha iniciado la adecuación de sus siete piscifactorías para crear y mantener unos grupos de reproductores representativos de las diferentes líneas genéticas.
